Table 1 Correlation analysis between DDIT4 and gene biomarkers of immune cells in TNBC (TIMER)
Immune cell | Biomarker | None | Purity | ||
|---|---|---|---|---|---|
Cor | P value | Cor | P value | ||
CD8 + T cells | CD8A | − 0.179 | 3.40e − 02 | − 0.177 | 4.53e − 02 |
CD8B | − 0.158 | 6.25e − 02 | − 0.155 | 7.99e − 02 | |
T cells (general) | CD3D | − 0.151 | 7.58e − 02 | − 0.145 | 1.02e − 01 |
CD3E | − 0.16 | 5.91e − 02 | − 0.156 | 7.80e − 02 | |
B cells | CD2 | − 0.167 | 4.81e − 02 | − 0.172 | 5.25e − 02 |
CD19 | − 0.241 | 4.10e − 03 | − 0.256 | 3.60e − 03 | |
CD79A | − 0.227 | 6.98e − 03 | − 0.239 | 6.67e − 03 | |
Monocytes | CD86 | − 0.139 | 1.02e − 01 | − 0.12 | 1.78e − 01 |
CD115 (CSF1R) | − 0.125 | 1.43e − 01 | − 0.094 | 2.91e − 01 | |
TAMs | CCL2 | − 0.046 | 5.87e − 01 | − 0.026 | 7.72e − 01 |
CD68 | − 0.094 | 2.70e − 01 | − 0.046 | 6.05e − 01 | |
IL10 | − 0.114 | 1.80e − 01 | − 0.078 | 3.80e − 01 | |
M1 macrophages | INOS (NOS2) | − 0.037 | 6.64e − 01 | − 0.079 | 3.72e − 01 |
IRF5 | − 0.082 | 3.34e − 01 | − 0.075 | 4.00e − 01 | |
COX2 (PTGS2) | 0.058 | 4.95e − 01 | 0.089 | 3.16e − 01 | |
M2 macrophages | CD163 | − 0.049 | 5.61e − 01 | 0.002 | 9.82e − 01 |
VSIG4 | − 0.03 | 7.23e − 01 | 0.024 | 7.91e − 01 | |
MS4A4A | − 0.142 | 9.41e − 02 | − 0.11 | 2.18e − 01 | |
Neutrophils | CD66b (CEACAM8) | − 0.048 | 5.74e − 01 | − 0.095 | 2.88e − 01 |
CD11b (ITGAM) | − 0.058 | 4.93e − 01 | − 0.023 | 7.95e − 01 | |
CCR7 | − 0.215 | 1.09e − 02 | − 0.236 | 7.43e − 03 | |
Natural killer cells | KIR2DL1 | − 0.052 | 5.45e − 01 | − 0.017 | 8.48e − 01 |
KIR2DL3 | 0.027 | 7.51e − 01 | 0.095 | 2.87e − 01 | |
KIR2DL4 | 0.063 | 4.60e − 01 | 0.127 | 1.53e − 01 | |
KIR3DL1 | − 0.076 | 3.72e − 01 | − 0.055 | 5.34e − 01 | |
KIR3DL2 | − 0.087 | 3.06e − 01 | − 0.021 | 8.13e − 01 | |
KIR3DL3 | − 0.072 | 4.01e − 01 | − 0.055 | 5.37e − 01 | |
KIR2DS4 | − 0.126 | 1.38e − 01 | − 0.096 | 2.81e − 01 | |
Dendritic cells | HLA-DPB1 | − 0.211 | 1.26e − 02 | − 0.206 | 1.94e − 02 |
HLA-DQB1 | − 0.16 | 5.84e − 02 | − 0.144 | 1.04e − 01 | |
HLA-DRA | − 0.174 | 3.95e − 02 | − 0.152 | 8.66e − 02 | |
HLA-DPA1 | − 0.207 | 1.43e − 02 | − 0.191 | 3.10e − 02 | |
BDCA-1 (CD1C) | − 0.233 | 5.52e − 03 | − 0.216 | 1.42e − 02 | |
BDCA-4 (NPR1) | − 0.08 | 3.49e − 01 | − 0.071 | 4.24e − 01 | |
CD11C (ITGAX) | − 0.162 | 5.55e − 02 | − 0.151 | 8.92e − 02 | |
Th1 | T-bet (TBX21) | − 0.147 | 8.23e − 02 | − 0.135 | 1.29e − 01 |
STAT4 | − 0.15 | 7.61e − 02 | − 0.139 | 1.18e − 01 | |
STAT1 | − 0.063 | 4.61e − 01 | − 0.058 | 5.13e − 01 | |
IFN-g (IFNG) | − 0.094 | 2.70e − 01 | − 0.07 | 4.30e − 01 | |
TNF-a (TNF) | 0.168 | 4.75e − 02 | 0.2 | 2.39e − 02 | |
Th2 | GATA3 | 0.109 | 2.00e − 01 | 0.123 | 1.65e − 01 |
STAT6 | − 0.149 | 7.93e − 02 | − 0.168 | 5.86e − 02 | |
STAT5A | 0.024 | 7.81e − 01 | 0.035 | 6.93e − 01 | |
IL13 | 0 | 9.99e − 01 | 0.043 | 6.33e − 01 | |
Tfh | BCL6 | − 0.077 | 3.64e − 01 | − 0.041 | 6.49e − 01 |
Th17 | STAT3 | 0.135 | 1.11e − 01 | 0.154 | 8.26e − 02 |
IL17A | 0.012 | 8.91e − 01 | 0.029 | 7.45e − 01 | |
Tregs | FOXP3 | − 0.224 | 7.91e − 03 | − 0.245 | 5.28e − 03 |
CCR8 | − 0.197 | 1.99e − 02 | − 0.207 | 1.89e − 02 | |
STAT5B | − 0.08 | 3.48e − 01 | − 0.084 | 3.48e − 01 | |
TGFb (TGFB1) | − 0.174 | 3.95e − 02 | − 0.173 | 5.08e − 02 | |
T cell exhaustion | PD-1 (PDCD1) | − 0.032 | 7.07e − 01 | 0.014 | 8.78e − 01 |
CTLA4 | − 0.118 | 1.64e − 01 | − 0.092 | 3.01e − 01 | |
LAG3 | − 0.031 | 7.13e − 01 | − 0.004 | 9.68e − 01 | |
TIM-3(HAVCR2) | − 0.141 | 9.65e − 02 | − 0.119 | 1.83e − 01 | |
GZMB | 0.03 | 7.24e − 01 | 0.083 | 3.53e − 01 |